Şizofreni ve bipolar bozukluğun tedavisinde ilaç tedavisi eşliğinde EMDR yönteminin uygulanması radikal değişimleri ve iyileşmeyi beraberinde getirmektedir. Şizofreni ve bipolar bozuklukta EMDR yöntemi ile diğer psikoterapi yöntemlerine kıyasla mucizevi sonuçlar elde edilmektedir. EMDR psikoterapisinin bu sorunlarda kullanılması ve işleyişi diğer psikolojik sorunlardaki işleyişinden tamamen farklı ve kendine özgüdür.  Şizofreni ve bipolar bozuklukta EMDR yönteminin uygulaması çok dikkatli yapılmalıdır. Bu sorunlarda uzmanlaşmamış ve yeterli deneyimi olmayan uzmanların EMDR yöntemini uygulamaları son derece risklidir. Ehil ve deneyimli bir klinik psikolog tarafından titiz ve itinalı bir çalışma yapıldığına şizofrenik ve bipolar kişilerin hayata uyumları yükselir, bir işi sürdürebilmeleri ile ilgili kapasiteleri artar ve sosyal etkileşimleri iyileşir. EMDR ile gerekli çalışma yapıldığında bu kişiler her insan gibi hayatlarına devam eder hale gelirler.

Ülkemizde şizofreni ve bipolar tanısı almış kişilerin pek çoğu ne yazık ki EMDR psikoterapisinin sorunlarına ve hayatlarına sağlayacağı anlamlı katkıdan faydalanamamaktadır. Bu kişiler için psikoterapinin kaçınılmaz bir gereklilik olduğunu psikiyatri doktorlarının çoğu göz ardı etmektedir. Maalesef bu kişiler tek başına ilaç tedavisine mahkum edilmektedir.  Gelişmiş ülkelerde bu sorunların tedavisinde ilaç tedavisine ek olarak mutlaka bu kişiler psikoterapiye de yönlendirilir. Ülkemizde ise ne yazık ki bu yönlendirme genellikle yapılmamaktadır.